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一般掃描式電子顯微鏡多以二次電子影像來觀察樣品。
至于影像的放大倍率乃決定于電子束在標本上掃描的范圍與螢光幕的比值，
掃描范圍愈小，所觀察到的影像放大倍率越大，
而解像力則視所聚成的電子束直徑大小而定，電子束直徑愈小，解像力愈高
成像系統（Image system）：即放大系統。由一系列電磁透鏡組成，分別為物鏡、中間鏡與投射鏡。
物鏡是將物體作次放大，而投射鏡則是將次放大的像再放大終至投射到螢光板或照相底片上。
置入樣品的方式為側進式（Side-entry），為防污染須灌入液態氮，
用以冷卻標本因電子束照射產生高溫所導致的污染
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